Olá amigos, depois de mais um cliente ter perdido o certificado resolvi que ia tentar descobrir oque estava causando isso, e depois de muita peleja(são 4:00 da manhã ), acho que consegui chegar ao causador do problema, pelo menos tive sucesso em excluir um certificado por diversas vezes assinando um XML.
E como muito se falava, não é diretamente o ACBR que está excluindo o certificado, pelo que constatei é a MSXML que está "reiniciando" o certificado e somando isso a mais algum problema est