Consegui encontrar a solução!
No meu ERP, não obrigamos a coloção de uma cidade de transação no cadastro das Empresas, mas os bancos Santander, Itaú, Neon e Banco do Brasil BB exigem que tenha o parâmetro id 60 (Merchant City) mesmo que preenchido de forma genérica.
Então, para resolver, na geração do código EMV (obtido pelo retorno do banco e uma série de parâmetros) coloquei para preencher esse parâmetro, caso não haja a informação, com "Cidade" e funcionou perfeitamente.
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Pauana Lopes's post in Boleto Híbrido - QRCode não está sendo aceito na hora do pagamento por alguns bancos (Santander, Itaú e Banco do Brasil BB) was marked as the answer