Geromin

Agradeço seu retorno BigWings. As cadeias de fato foram cruciais para o funcionamento. Só para constar o que foi feito caso alguém passar por isso.
Passo 1: Remover tudo e qualquer instalação relacionada ao certificado e leitora (reiniciar a maquina, comigo deu conflito quando não fiz)
Como o cartão A3 é da SPC Brasil precisou unir as coisas e a sequencia que funcionou foi essa
Passo 2:  Instalar o SafeSign da certificadora correta no meu caso:  SafeSign 3.0.101.0 64 bits  (http://news.spcbrasil.org.br/download/SafeSign_3.0.101.0_Wind10_x64.exe)
Passo 3: Cadeia da certificadora do cartão
Autoridade Certificadora CNDL RFB (PSS Safeweb)
https://www.spcbrasil.org.br/uploads/st_repositorio_categ/cadeias_ac_cndl_rfb_pss_safeweb.zip
Download das cadeia V2
Autoridade Certificadora Raiz Brasileira
https://www.spcbrasil.org.br/uploads/st_repositorio_categ/autoridade_certificadora_raiz_brasileira1.rar
Autoridade Certificadora RFB
https://www.spcbrasil.org.br/uploads/st_repositorio_categ/autoridade_certificadora_rfb1.zip
Autoridade Certificadora CNDL RFB V2
AUTORIDADE CERTIFICADORA AC CNDL RFB
https://www.spcbrasil.org.br/uploads/st_repositorio_categ/autoridade_certificadora_cndl_rfb_v21.rar
Passo 4: Complemento da Hierarquia (só encontrei na certisign)
Hierarquia V5
Certificados emitidos a partir de 10/01/2017
AC Raiz V5
AC RFB V4
AC Certisign RFB G5
https://www.certisign.com.br/duvidas-suporte/downloads/hierarquias/icp-brasil/e-cnpj
Passo 5: Reiniciar a máquina.
* Este recurso funcionou tanto para servidor em nuvem como um servidor linux rodando 2 proxmox com windows 2016, neste ultimo o A3 fica no proprio servidor e qualquer terminal pode emitir a nota