Boa tarde.
Conseguiu resolver?
Aqui ocorreu em dois clientes de SP também com certificado A3.
A solução foi desinstalar todos os certificados raiz e instalar novamente, juntamente da instalação da cadeia de certificados no caminho de Autoridades de Certificação Raiz Confiáveis>Certificados.
Anexo a cadeia de certificados a ser instalada. Os raiz foram obtidos diretamente do GOV.
Certificados_NFe_CTe_SEFAZ_SP.zip
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