Sim.. por incrível que pareça.. isso é um Bug na interpretação do Esc/Pos Epson...
Eu já havia relatado esse problema para eles...
Aparentemente ela tenta reenderizar o Logo, de baixo para cima, e com isso corta o Logo...
Um WorkAround, seria fazer a seguinte modificação... (mas isso quebra a impressão nas outras impressoras)
FPosPrinter.Buffer.Add('</zera><mp>' +
FPosPrinter.ConfigurarRegiaoModoPagina(0,0,Altura,CLarguraRegiaoEsquerda) +
'</logo>');
para:
FPosPrinter.Buffer.Add('</zera><mp>' +
FPosPrinter.ConfigurarRegiaoModoPagina(0,0,Altura,CLarguraRegiaoEsquerda) +
'</lf></lf></lf></lf></lf></lf></logo>');