Olá amigo,
Estou tentando implementar também a versão 2.03 e estou com o mesmo problema, você conseguiu resolver? Segui a construção dos dados e da assinatura conforme o manual da Abrasf porem ao tentar desserializar o XML na estrutura disponibilizada pelo serviço web, o nó dos dados é desserializado corretamente porem o nó de assinatura não é desserializado, suponho que isso talvez esteja ocorrendo também lá no serviço web...
Obs.: Temos a versão 1.00 funcionando corretamente ainda, e inclusive seguindo o manual da Abrasf a assinaturas é exatamente igual a da versão 2.03.