Exatamente por causa dessas diferenças deixar em código separado facilita na hora de dar manutenção do código.
Se a receita levasse os dois projetos como um projeto apenas, juntar os códigos seria muito bom.
Mas ela trata o SPED Fiscal, PIS/COFINS e etc, cada um como um projeto separado. Cada um tem seu Guia Prático, e cada um tem seu próprio validador. Cada um tem uma legislação pertinente e as vezes os mesmos registros tem formatos diferentes pra cada projeto como você mesmo constatou. Já aconteceu deles mudarem um registro em um e só meses depois mudar no outro, isso quando mudam.
Assim, não dá pra tratar o código como o mesmo, quando na prática, os registros não são tratados como os mesmos.