Pessoal. Isso ocorreu conosco e tudo o que precisei fazer foi remover os tokens e recolocá-los na máquina (fisicamente). Abri o programa de nota fiscal e funcionou normalmente. Segundo a empresa que nos fornece o programa, isso ocorre por erro de comunicação entre os tokens físicos e a máquina. Outra coisa que poderia ser, é que a pasta onde se encontra o programa esteja "somente leitura" e ela precisa estar livre para ser gravada. Então é importante ver nas propriedades da pasta do programa, na aba segurança se está liberado para ler/gravar.