Problema resolvido em cliente, mas achei interessante compartilhar, até p ver se alguem tem alguma explicação ou possa ajudar quem tiver passando por isso.
Estava com um cliente com o problema: O tempo limite da operação foi atingido - URL:https://nfce.fazenda.pr.gov.br/nfce/NFeAutorizacao3
tentamos atualizar DLLs que os componentes ACB usam, revisar as configurações SSL/TLS (várias configurações), desconfigurar Firewall, desisntalar antivirus e nada. Tb olhamos as ultimas atualizações do Windows e nao havia nada nos logs.
A máquina alem do nosso servidor, tinha tb um servidor Firebird 2.5 + servidor de transação TEF - isso tudo rodando em um Windows Server 2008 Intel Xeon 3.10GHz (4 núcleos) 4GB RAM.
Nao conseguimos identificar a causa do problema (se alguem tiver alguma dica compartilhe para avaliar).
O detalhe que o servidor iniciava, autorizava algumas NFC-es normalmente e logo depois de um tempo começava o erro (nao havia um padrao, autorizava 30 e começava o erro... as vezes ficava uns 15/20 minutos e começava o erro).
Tudo levava a acreditar que era algum bloqueio do Sefaz apesar que outros clientes estava tudo normal. O cliente é do parana.
Em contato com o Sefaz, o pessoal informou que não havia nenhum bloqueio desse cliente.
Para resolver o problema migramos o servidor da aplicação para uma maquina com Windows 7 -
nessa máquina não foi necessario configurar nada de SSL/TLS, funcionou de primeira e ta funcionado até agora sem nenhum erro "tempo limite da operação foi atingido".