Estou com exatamente o mesmo problema, já tinha reportado em outro tópico.
Pelo capicom ele não consegue assinar. Se alterar o "id" para "Id" ele assina, mas a prefeitura recusa dizendo que está fora da estrutura.
Pelo WinCrypt ele consegue assinar usando "id", mas daí ocorre erro na validação "..Signature: This element is not expected".
Verifiquei o log do Publica.ini e descobri que o erro está sendo causado por uma alteração feita em 22/05/2018.
Basta desfazer a alteração feita e a emissão volta a funcionar (altere o URI=1 para URI=0). Testes feitos com Capicom.