Creio que tem que credenciar os dois, já passei por um cliente do Paraná e tivemos que fazer como citei, olhe o link o manual de credenciamento, página 2. Retirado do manual.
"Vale lembrar que a Secretaria da Fazenda do Estado do Paraná – SEFA possui uma regra de credenciamento (cadastramento) de fornecedores de sistemas para emissão de documentos fiscais por processamento de dados (ver NPF 018/2001 atualizada pela NPF 081/2007). É preciso distinguir, portanto, o credenciamento (cadastramento) de fornecedores de sistemas fiscais ..."(regra para fornecedor de qualquer sistema que tenha cunho fiscal, seja para escrituração, seja para emissão de documentos) com o credenciamento (requerimento e homologação técnica) de usuários contribuintes para emissão de NF-e (regra específica de credenciamento de estabelecimento contribuinte para emissão de Nota Fiscal eletrônica).
Tendo em vista a exigência que o Fisco estadual faz para controle de fornecedores de sistemas fiscais,
o processo de credenciamento para NF-e deve ser necessariamente precedido do cadastramento (ou atualização de cadastro) do fornecedor de sistemas conforme regras do item 2 da NPF 018/2001 atualizada pela NPF 081/2007 para inclusão da NF-e (documento “55”) na finalidade fiscal de seu sistema"
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