Já me ocorreu isso, com MDF-e, mesmo motivo, "perde" a propriedade... onde recebe o nome do arquivo XML gerado, após a autorização.
Isso me gerou uma dor de cabeça extra, porque o MDF-e no portal, quando baixa, vem sem os dados de autorização....
Mais interessante é que pede o XML , porém os dados de protocolo, e data de protocolo, estão. lá..
Já estou criando um método, como exceção , para quando ocorrer, que quando isso ocorrer , devo consultar a SEFAZ, gerar novamente o XML e salvar no disco.