O ACBrIntegrador está preenchendo o campo de acordo com a documentação.
Verificando na documentação do Integrador da SEFAZ-CE, a informação que deve ir no campo versaoDados é '1.00', pelo que vi essa versão não é do leiaute da NFCE e sim do Cancelamento.
Estava com esse problema, no meu caso só consegui quando coloquei todas as DLLs do Driver MFE dentro da pasta do aplicativo e compilei o aplicativo para 32 bit.
Resolvido.
Passei por esse problema também, na realidade eu não esta informando a Fatura, apenas a Duplicata. Segue como estava e como foi resolvido:
Informando apenas a Duplicata na tag dup
Agora da forma correta, informando a Fatura tag
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