Faça o seguinte:
Para Windows 7 (no meu caso, nenhum cliente meu que utiliza este sistema deu este problema) ou para Windows 10, para voce excluir o certificado, é so executar o Comando certmgr.msc. Vá até Autoridade de Certificação Raiz Confiáveis, Certificados, Selecione todos com "Autoridade Certificadora" (Somente estes) deve haver uns 2 a 4 mais ou menos e exclua eles.
Reinstale utilizando este em anexo,
1 passo: instale tanto para usuário local quanto para máquina.
2 passo: tela de assistente clica em avançar.
3 passo: avance novamente.
4 passo: senha de instalação: 1234 e maque a opção de chave exportável e avança.
5 passo: selecione a opção de colocar todos os certificados no repositório a seguir.
6 passo: clica em procurar
7 passo: seleciona a segunda opção autoridades de raiz confiáveis e ok.
8 passo: avançar.
9 passo: concluir e ok.
Feito isso pode testar que já ira funcionar.
lembre-se faça os passos duas vezes para usuário local e maquina conforme 1 passo.
CERTIFICADO DE RAIZ.pfx