Sim, realmente se continuar consultando o lote esperando uma resposta positiva, não vai funcionar até a SEFAZ ajustar isso.
A solução que adaptamos temporariamente baseado na nossa estrutura é consultar a chave do CT-e que foi gerada na primeira tentativa de consulta e trazer o conhecimento para o usuário.
É um contorno que funcionou, já que o conhecimento está emitido apenas trazemos para o usuário (consulte a sua chave em http://www.sped.fazenda.pr.gov.br/modules/conteudo/cte.php?consulta=completa )