No seu lugar eu faria o seguinte:
1) distribuiria as notas em lotes de até 50 notas ou menos, dependendo da quantidade de itens por nota, o limite é de 50 notas ou 500k;
2) transmita o lote de notas;
3) valide o status e se ok (103) pegue o recibo e o tempo médio de resposta, além das outras informações que porventura lhe interesse guardar;
4) aguarde um pouco, no meu caso eu aguardo o tempo médio de resposta ou 5 segundos, o que for maior - segurança e caldo de galinha nunca matou ninguém;
5) consulte as notas do lote e atualize o seu sistema de acordo.
Baseei a minha sistemática em alguns posts de Maio de 2012, pelos usuários peterson161 e ronnei, mas não consegui localizá-los agora para informar o link (fiquei com a impressão de que o sistema de busca está quebrado, não importando a maneira como formulei a pesquisa, o resultado foi nulo todas as vezes).
Cordialmente,
Carlos