Então, no meu sistema hoje eu tenho um cadastro de tributações, e no cadastro de produtos, eu tenho a tributação padrão de venda, então por exemplo, nos NFCes sempre vai ser a tributação que foi informada no cadastro de produtos, na NFe se for operação normal de venda ele já busca a tributação do cadastro de produtos, se for outra operação, ai ele deixa o campo em branco pra informar naquela operação.
Sobre as alíquotas pretendo ter um tabela com as alíquotas de referencia de CBS, IBS UF e IBS Municipal, outra tabela pra ter as alíquotas diferenciadas para UFs e imaginava ter uma tabela para os municipios, mas confirmando a informação que o amigo @Everton M Gava passou, vou ter que repensar essa tabela.