Pessoal, um dica para tentar minimizar o problema. Acredito que o problema é realmente uma regra que o SEFAZ implementou. Os testes que realizei em um cliente e está sendo resolvido é enviar em ambiente de homologação para verificar o erro que está ocorrendo, no meu caso há produtos com NCM inválido, estou corrigindo o problema, e depois de autorizado o uso no ambiente de homologação, estou enviando a nota em ambiente de produção, ao tentar obter o retorno está dando o erro de CNPJ, mas se consultar a NF-e no SEFAZ, já verá que está autorizada.
Pelo menos dessa forma estou conseguindo resolver o meu problema, talvez ajude a vocês.
Abraços,
Richard