O Componente está fazendo certo, notas de débito e crédito (finalidade 5 ou 6) não pode ter o grupo ICMS/PIS/COFINS, etc e por isso remove
Pg 27 da NT 2005 002 v1.30:
B25-80 55 Se finalidade da NF-e igual a crédito ou débito (tag:finNFe=5 ou 6): - Informado ICMS (tag: ICMS), ISSQN (tag: ISSQN), IPI (tag: IPI), II (tag: II), PIS (tag: PIS), PIS ST (tag: PISST), COFINS (tag: COFINS), COFINS ST (tag: COFINSST), ICMS UF Destino (tag: ICMSUFDest) ou Imposto Devolvido (tag: impostoDevol).
1001 Rejeição: NF-e com finalidade de débito ou crédito somente para IBS/CBS
Exemplo de uma nota finalidade 6 emitida:
Imposto sem ICMS, PIS, COFINS
Grupo total com o vBC ICMS da tag imposto e abaixo o totalizador de IBS CBS
Compare seu xml com esse aqui, atualize o acbr e schemas, a principio é pra estar ok a geração dessas finalidaes somente com o gruo IBS e CBS.