Bom dia André Luiz.
Isso mesmo que você entendeu as Operações são distintas,
Numeração diferente, série diferente.
Aqui na empresa em que trabalho temos um módulo de emissão de NFe, como a estrutura é praticamente a mesma, estamos adequando nosso emissor para que possa gerar os dois arquivos em um único emissor.
Ex: Cliente irá gerar a NFe vai utilizar o mesmo módulo, apenas habilitamos os parâmetros da NFe como: ModeloDF = moNFe e demais coisas que a NFe utiliza que já estamos todos acostumados.
Caso seja uma Operação de NFC-e o cliente irá utilizar o mesmo módulo, iremos carregar os parâmetros da NFCe: ModeloDF = moNFCe, Token, DanfeNFCe... e demais informações, carregamos no arquivo XML apenas os dados que é da NFCe.
Não sei se consegui esclarecer sua duvida.
Espero ter lhe ajudado.