Passei pela mesma situação tentando emitir NFSe em Vacaria/RS. Para o RPS ser aceito pelo webservice deles, fiz a mesma alteração que Adryelle fez, tornando a tag Aliquota obrigatória para Pronimv2, mesmo estando com valor zerado.
Porém, segundo suporte da GOV BR (Pronim), essa alteração antenderia somente contribuintes do Simples Nacional. Para contribuintes enquadrados como ISS Presumido, a tag Aliquota não deve ser informada no XML. Abaixo resposta que a GOV BR me deu por email:
Dei uma pesquisada superficial nos fontes do ACBr, mas não encontrei algum caso onde a presença do campo fosse condicional. Existe algum provedor que funcione da mesma forma que o Pronimv2, que ora informa tag Aliquota, ora não?