A NFSe emitida pelo portal (diretamente) não consta o RPS, pois não existe o papel do Recibo Provisório de Serviço, portanto, essa informação não é impressa.
Quando você usa de sistema de integração o RPS/DPS é utilizando para gerar a NFSe, sendo assim, somente após a geração do Recibo que a Nota Fiscal é gerada, portanto a informação deve constar na impressão.
Tanto que se você imprimir a nota fiscal que foi gerada a partir de uma integração por RPS, a informação consta na impressão tambem, o que varia de prefeitura a prefeitura é layout e a disposição do campo, mas a informação existe.
como pode ver na consulta da sua propria nota fiscal a informação é constante do RPS número 47/99 nfse.novaiguacu.rj.gov.br/nfse/notaFiscal.php?id_nota_fiscal=MzAyMDE5MTQ=&confirma=Tg==&temPrestador=Tg==