Bom dia,
Após sua resposta fiquei em dúvidas se não estava fazendo algo errado e fui revisar o procedimento e analisar os xmls de pedido e retorno.
Pois bem, após a consulta pela maior NSU da empresa já recebida eu armazeno os dados do retorno (WebServices.DistribuicaoDFe.retDistDFeInt.docZip.Items.NSU) para depois dar a ciência da operação e posterior download.
A empresa (filial) a qual é o destinatário do documento é nova e está atualmente na NSU 1941, já o documento em questão retornou com NSU 34425 que é a sequencia vigente da NSU da matriz, o que demonstra que esse documento resultou em uma consulta pelo CNPJ da matriz.
Realmente também tinha certeza que somente retornavam documentos onde o destinatário era o CNPJ da consulta, mas essa situação vem se repetindo sempre com a mesmo fornecedor que insiste em adicionar o CNPJ da matriz na tag <autXML>.