Realmente não tinha lido essa parte do manual, acho que o interessante seria fazer uma variável em arquivo INI verificando a primeira abertura do sistema no dia (quando algum terminal carregar o sistema pela primeira vez no dia, atualiza essa variável e faz a checagem no webservice por novos documentos enviados, se houver algum, baixa os dados e salva no banco e exibe um aviso na tela principal do sistema como no aplicativo gratuito da SEFAZ, bastando o usuário abrir esta tela para verificar e aplicar a ciência ou não sobre cada um dos documentos.)
Isso evitaria o uso indevido, haja vista que o prazo para a Manifestação do Destinatário não é de minutos após a emissão do documento.