E bota complicado nisso: Aqui em Alagoas você tem que fazer a alteração, enviar toda a documentação e certidões novamente para a SEFAZ, que vai te dar um protocolo e você deve esperar ser publicado no diário oficial, aprovado e publicado você deve enviar a versão para o cliente, que tem que emitir o ID-PAF junto com a memoria das ultimas reduções, fazer um registro no livro de ocorrência, gerar um termo de instalação com firma reconhecida e assinado pelo cliente e a software house e encaminhar para a SEFAZ.
Acredito que nenhuma outra faz isso!!