Bom dia!
Leonel estamos passando o mesmo problema tbm com a nova hierarquia do certificado, fiz alguns teste por fora do sistema acessando o site do e-cac, ele dá o erro 403 que não reconhece o certificado.
Como último teste instalei tudo o que foi de certificado com as hierarquias novas conforme indicado no site do iti e ipc e nada deu resultado. Resolvi desinstalar o certificado com a nova hierarquia e reisntalar ele e como teste coloquei um certificado mais antigo gerado antes do dia 01/09, no site do e-cac ele só reconhece os certificados gerado com a hierarquia velha, conforme imagens em anexo.
Se alguém tiver este problema e resolveu favor compartilhar.
Obrigado a todos.