Boa noite Flavio,
Analisando os XMLs que você anexou notei o seguinte:
1. O lote foi enviado e o numero do protocolo foi retornado.
2. A consulta ao lote foi executada informando o numero do protocolo e foi retornado a situação 2 que indica que o lote esta na fila de processamento, inclusive consta na tag <Mensagem> a informação que o Rps ainda não foi convertido em NFS-e e na tag <Correcao> um pedido para que se aguarde um tempo e faça uma nova consulta.
Eu não sei se você realizou um nova consulta ou se depois dessa consulta acessou o site da prefeitura e constatou que o Rps foi rejeitado pelo fato do numero do mesmo ser inválido.
Mas uma coisa é certa, se o numero do Rps é inválido com certeza ele esta fora de uma sequencia ou o provedor exige que seja liberado uma faixa de numeração, por exemplo: o contribuinte solicita a liberação de 1 a 1000 (numeração do Rps) quando emitir o Rps de numero 1000 deve-se solicitar a liberação de 1001 até 2000 e assim por diante.
Vai ser necessário entrar em contato com a prefeitura ou com o provedor para que eles digam o real motivo dessa rejeição.