sistemp, acho que você entendeu errado, primeiro não tem que reomologar software a não ser que o seu laudo esteja vencido, se ainda tem um laudo válido, basta enviar somente uma alteração de software para o sefaz com o novo MD5, alguns estados como por exemplo o RJ chega a beirar o ridículo de tão simples que é, basta entrar no site e reenviar os arquivos, em outro é um pouco mais complicado, concordo, mas nada que nós não tenhamos passado no dia do primeiro cadastro.
quanto a usar o NCM, ele já é obrigatório a muito tempo, cerca de uns 4 anos pelo menos, não só empresas grandes, todo mundo é obrigado a classificar por NCM, isso vem nas notas dos fornecedores, não é nada cabuloso manter o NCM atualizado no cadastro.
Esse percentual de 20%, desculpe, mas todo mundo que compra hoje tem condições de ter o cadastro de NCM atualizado utilizando as notas de compra, eu particularmente trabalho com cerca de 300 pequenos comércios e todos tem NCM atualizado e funcionando não porque meu software permite isso, mas porque eles procuram manter isso atualizado.
Quanto a calcular por conta própria, não é problema nenhum, e a responsabilidade somente vai vir se for algo muito discrepante, quem vai fiscalizar isso no futuro provavelmente será o procom, eles vão com certeza tomar por base a tabela de alíquota do IBPT se eles não fizerem uma própria com o tempo, isso não quer dizer que sua forma vai estar errada, lembrando sempre, os impostos demonstrados são aproximados, a menos que você use uma metodologia totalmente errada que não condiz com a realidade não vejo problema em usar uma própria.