Se eu entendi bem, você quer só importar um arquivo para o seu PAF e ele gerar o cupom fiscal, tipo uma importação do xml de NF-e, mas para cupom fiscal. O retaguarda não vai modificar nada no banco de dados do PAF.
Acredito que não há problema, desde que você faça a importação de forma concomitante, ou seja, a cada item que ler do arquivo, faça a emissão no ECF, como se fosse o usuário digitando.
Mas, é melhor você verificar com a empresa onde vai fazer a homologação. Eles podem deixar ou não você implementar essa funcionalidade. Ou podem deixar, mas estabelecer requisitos como o Régys mencionou.