Para registro (se alguém consultar este tópico):
O ISSNET retorna Código 99999 - Nota não processada, ou erro desconhecido, quando o RPS está na fila para processamento. Já me ocorreu a situação:
1) Transmito a nota, gravo o recibo/protocolo, porém o servidor está lento (vai pra fila para processamento);
2) Na consulta, retorna 99999;
3) Transmito novamente, gravo o recibo/protocolo, e o servidor continua enviando pra fila pra processamento; Pronto, já está reproduzida a situação.
4) Se o servidor processar as transmissões, quando é consultado o Recibo/Protocolo (2o envio), vai dar RPS já informado .
A solução é efetuar a consulta por RPS e processar a atualização do sistema.
Isto só ocorre com Cuiabá. Transmito também para Curitiba, e não ocorre esta situação (retorna RPS ainda não processada).
Espero ter ajudado