Bom dia.
O número da remessa deve ser senquencial e incrementado de 1 em 1, não pode ser repetido.
Quando você imprime um boleto, não precisa necessariamente gerar a remessa dele em seguida, pois mesmo que sejam enviados vários arquivos remessa ao banco no mesmo dia, haverá apenas um retorno no dia seguinte. Você pode imprimir todos os boletos que quiser durante o dia, e ao final gerar uma unica remessa contendo todos os boletos.
Quanto ao nosso número, você diz que sempre ao imprimir o boleto esse número é incrementado, caso um boleto seja reimpresso o nosso número tem que continuar o mesmo.
Att.