No cupom fiscal hoje é impossível, porque não existem comando para informar o IPI ou qualquer outro imposto diferente do ICMS ou ISS no produto.
O que você pode fazer e acrescentar isso a descrição do produto ao registrar, alguns modelos aceitam descrições com até 255 caracteres o que lhe ajudaria nisso.
Quantos a legislação citada:
O art. 135 do Regulamento do ICMS que trata especificamente do Cupom Fiscal, prevê a citação do valor do IPI ( art. 2º § 4º).
Essa outra parte diz respeito ao que é permitido durante a impressão do item, isso não quer dizer que é obrigatório.
O seu contador deve estar misturando com nova lei de impostos no cupom, essa sim disciplina os impostos que devem ser "mostrados" ao consumidor, o IPI é um deles, mas veja, mesmo assim a legislação é clara, não é necessário imprimir no cupom, pode-se imprimir no cupom ou mostrar ao consumidor por algum outro meio como por exemplo a tela de registro ou um letreiro ao lado do caixa.
http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/_Ato2011-2014/2012/Lei/L12741.htm