Vamos lá,
primeiro uma explicação de como o MD-5 deve ser informado: A lei diz que o MD-5 deve ser informado em campo próprio ou no rodapé do cupom quando não possuir campo para tal, o método identificaPaf, programa o campo próprio para tal, portanto quando utilizar ele não se deve utilizar a propriedade InformacoesRodape.MD5, o método identificaPAF inclusive tenta programar o campo proprio, se não conseguir já seta a propriedade para que apareça no rodapé do cupom fiscal, portanto bastaria rodar o identificaPAF na abertura de seu aplicativo que tudo seria feito como deveria.
Quanto a palavra "aplicativo:" a bematech é que imprime isso, não o componente, não tem como remover essa palavra depois de programado o campo de identificação do paf.