Você tem que ver onde a transportadora em questão se enquadra, se ela for uma transportadora rodoviária com regime de apuração normal, o prazo para emitir em definitivo o conhecimento de transporte eletrônico - CT-e é 01/agosto/2013, portanto até essa data você pode emitir em ambiente de homologação.
A não ser que a transportadora foi autoada e vai ter que iniciar imediatamente a emissão do CTe.
Normalmente habilita-se o certificado para o ambiente de homologação, depois para o de produção.
Se ela foi autoada, podesse habilitar os dois ambientes.
Quando eu implantei a NFe no meu cliente, ele tinha que iniciar imediatamente em ambiente de produção.
Mas ao habilitar o certificado foi nos dois ambientes, desta forma foi possivel realizar testes antes de enviar para o ambiente de produção.
Espero ter ajudado.