Bom dia Arce,
Sim, se a empresa que vai emitir o MDF-e for uma transportadora ela só pode informar CT-e ou Conhecimentos de Papel.
Por outro lado se a empresa realiza o transporte de carga própria, por exemplo, uma loja que vende a mercadoria, logo emiti NF-e e possui um caminhão para realizar o transporte até o cliente, neste caso só pode informar no MDF-e as NF-e.
Lembrando sempre que em ambos os casos a carga é fracionada e o transporte é interestadual.
Outra coisa, uma transportadora que realiza o redespacho intermediário, ou seja pega a carga de uma transpotadora A e leva até a Transportadora C.
Neste caso essa transportadora vai emitir apenas um CT-e e só vai informar a transportadora A como sendo o Expedidor e a transportadora C como sendo o Recebedor.
Note que toda a carga é levada de um ponto para outro, logo temos carga Lotação, mesmo sendo o transporte interestadual, neste caso não há necessidade de emitir o MDF-e.
Pois ao emitir um CT-e de Lotação, devemos informar o veículo e o motorista, informações estas que são colocadas no MDF-e.
Seria um desperdicio de tempo e dinheiro emitir um segundo documento contendo as informações que já estão contidas no CT-e de Lotação.