Bom dia,
E os demais clientes da transportadora, relataram o mesmo problema?
Você só tem um cliente utilizando a sua aplicação de emissão de CTe, caso tenha outros, o problema também ocorreu com os outros?
Se o problema ocorreu em apenas um cliente da transportadora, isso me leva a crer que o problema esta com este cliente.
Se você utiliza por exemplo o Outlook para ler e enviar os e-mails, ao baixar os mesmos do provedor, se ocorrer uma falha, os e-mails já baixados, não são marcados, logo ao tentar novamente, eles são baixados mais uma vez, nos levando a crer que o remetente nos enviou o e-mail duas vezes.
É preciso mais informações para saber ao certo o que esta ocorrendo.
Dependendo do programa que esta sendo utilizado, pode estar configurado para baixar, não marcar como baixado, e ainda por cima manter no provedor.
Desta forma toda vez que for checar se tem novos e-mail, os ja baixados seram baixados novamente.
Com relação ao componente, com certeza que não é ele que esta provocando isso, a não ser que você tenha colocado o comando de envio de email dentro de um loop.
Revise a sua rotina.