Vendo o seu vídeo e de acordo com as suas investigações... a única medida prática e efetiva, seria deixar na Tela, uma mensagem clara e visível ao usuário...
"ACESSANDO CERTIFICADO DIGITAL.
NÃO REMOVER O CARTÃO..."
As empresas que emitem o Certificado, não tem qualquer relação com a MSXML.dll.. ela e feita pela Microsoft e está depreciada...
Eu particularmente, recomendo a meus clientes, que evitem a todo custo, certificados A3... a diferença de preço entre um A3 e A1, me parece ser "economia a base da porcaria"... A3 gera muito suporte e trabalho... Ele seria mais seguro, é claro.... isso se todos não usassem "1234" na senha, ou colassem uma etiqueta com a Senha no cartão... então.. só vejo desvantagens em usar A3
O que provavelmente está excluindo o Certificado, é justamente isso... a falha na autenticação do mesmo... Isso é uma medida de segurança, que é de conhecimento de todos... se você digitar a senha errada várias vezes, a própria biblioteca de acesso ao certificado excluirá o mesmo...