Bom dia Windel,
Eu utilizo os componentes ACBr desde 2009, mais precisamente o ACBrNFe.
Como foi eu que peguei o componente ACBrCTe (protótipo) e finalizei a ponto de deixa-lo funcional, estudei muito os fontes do ACBrNFe e não encontrei nada, nenhum comando que por ventura pudesse realizar uma operação de exclusão de certificado.
Depois de muitos anos e vários relatos um membro do fórum descobriu que o responsável por essa exclusão na verdade é uma DLL do Windows (vide o link que o Daniel postou acima).
Por favor peça para essa pessoal que constatou que o problema é em aplicações que se utilizam do ACBr, escrever um laudo sobre essa constatação e é claro assinar.