Boa tarde Fabio,
Só 2 horas para poder cancelar???
Muito estranho o normal é 168 horas, esta certo que cada UF tem a liberdade de alterar esse prazo, mas 2 horas acho muito pouco uma vez que as NF-e tem prazo de 24 horas.
Respondendo as suas perguntas:
Sim, após emitir um CT-e de Anulação temos que emitir o de Substituição, que no seu caso não resolve o problema.
Não existe um CT-e de retorno, devolver uma mercadoria é uma coisa, não faz sentido devolver um serviço que já foi prestado.
Se o contador contabilizar somente uma prestação de serviço, a transportadora terá problemas futuros, uma vez que na SEFAZ consta que ela realizou 4 serviços.