Eudecio,
O emitente tem que disponibilizar o XML válido juridicamente, ou seja, assinado e protocolado, imediatamente após obter da SEFAZ autorizadora o protocolo de autorização.
O Fornecedor manda o XML para o destinatário via sinal de fumaça?
Não basta desenvolver um sistema integrado, ele tem que ter procedimentos automatizados, o envio do XML ao seu destinatário é um deles.
1. Enviou
2. Esta autorizado, se sim, atualiza o banco de dados, checa se o destinatário possui e-mail, se sim, envia um e-mail contendo o XML e o DANFE em PDF.
Eu sei que você não tem culpa, uma vez que o problema é os XML recebidos, mas por favor não cometa esse erro do fornecedor do seu cliente.
Se você tem uma aplicação que emite NF-e, automatize o envio do XML por e-mail.