A numeração da nota é de responsabilidade do contribuiente, então se vc quer continuar a numeração a nota será autorizada, mas pode ser que algum dia um fiscal solicite uma explicação de por que as séries contém espaços na sequencia de numeração.
Nos passos para usar o SCAN no manual existe a seguinte observação:
alteração da série da NF-e para a faixa de uso exclusivo do SCAN (900 a 999), a alteração da série implica na adoção da numeração em uso da série escolhida o que implica na alteração do número da NF-e também;
Leia o manual de contingência para saber o funcionamento de cada tipo - http://www.nfe.fazenda.gov.br/PORTAL/do ... _v1_01.pdf