Boa tarde a todos,
Primeiramente se essas entregas são dentro do municipio, a transportadora não pode emitir o CT-e e sim Nota Fiscal de Serviço.
Se for intermunicipal ai sim, vai emitir o CT-e.
Outra coisa, um remetente e vários destinatários, duas perguntas:
1. Quem emitiu as NF-e, é esse remetente?
2. Quem é o tomador do serviço é o remetente?
Se a resposta form sim para as duas perguntas, pesquise aqui no fórum sobre CT-e Globalizado.
Existe sim a possíbilidade de se emitir um CT-e apenas, mas existem regras e a Transportadora tem que solicitar junto a SEFAZ o Regime Especial.
Essas informações estão no Boletim Técnico 2012/001 de maio/2012.
CTe_BT2012_001 Padroniza CTe Globalizado.pdf