@roclopescgmail Desde quarta feira venho acompanhando o fluxo das notas, o cliente em questão possui um fluxo bem pequeno de notas, desde que alterei os métodos para usar o DistribuicaoDFePorNSU como você mencionou, estamos conseguindo buscar as notas sem problemas.
Coloquei abaixo os logs que gravei no banco referente as requisições que fizemos, enquanto usado DistribuicaoDFePorUltNSU(Grifado em vermelho) a primeira consulta, independente de tempo de espera, resulta sempre em consumo indevido,
depois comecei a testar DistribuicaoDFePorNSU(Grifado em azul) e começou a trazer notas, posteriormente fiz alguns tratamentos para buscar de tempos em tempos(Grifado em roxo),
Essas notas não possuem nenhum evento de manifestação, então, parece que realmente não tem ninguém utilizando o certificado(ou pelo menos, não estão manifestando), mesmo assim, toda consulta por DistribuicaoDFePorUltNSU resultava em consumo indevido.
Por hora, muito obrigado @roclopescgmail.
Obrigado @Renato Rubinho e @BigWings pelas orientações.