Bom dia Leandro,
Nos XML que você anexou na primeira postagem, um se refere ao retorno da consulta da NFS-e por Rps, note que dentro do grupo <ConsultarNfseRpsResposta> temos o grupo <CompNfse> que é o grupo que contem os demais grupos e tags que Compõe a NFS-e, dai o nome do grupo <CompNfse>.
Já o segundo arquivo, nada mais é que o grupo <CompNfse> que é salvo como sendo o XML da NFS-e.
A única diferença é que esse provedor coloca o prefixo "tc:" nos grupos e tags de forma errada pois se você notar é declarado os prefixos "tc:" como sendo tipos complexos e "ts:" como sendo tipos simples que por sinal não é utilizado.
A tag Nfse que na verdade é um grupo esta certo receber o prefixo "tc:", mas a tag Numero esta errado, pois trata-se de um tipo simples, logo deveria receber o prefixo "ts:".
Como você pode ver até o webservice do provedor esta gerando o XML de retorno com prefixos (que não precisam) e além disso de forma errada.
O componente ACBrNFSe possui uma deficiência na leitura das tags, não consegue ler corretamente as tags com prefixos, logo ele remove os prefixos.
Você disse que o sistema de um contador não consegue ler o XML da NFS-e sem os prefixos, correto?
Como vai ficar o dia que a prefeitura fizer uma nova licitação e mudar o provedor e esse novo provedor o XML da NFS-e retornado pelo webservice não possui prefixo?
Ele vai continuar reclamando que o XML precisa ter os prefixos ou ele vai entrar em contato com o desenvolvedor desse sistema para que seja feita uma alteração nele?