Bom dia Guilherme,
Cara o componente ACBrNFe foi disponibilizado para a comunidade por volta de fevereiro de 2009.
Ele completou 12 anos e durante todos esses anos ninguém reclamou desse comportamento do componente.
Sabe porque?
Simples, a rotina que pega os dados lidos do XML das aplicações dos desenvolvedores que usam o componente a todo esse tempo trata os dados lidos.
Resumindo, se o valor de vIPI, vCOFINS é zero simplesmente ignora o valor de CST do PIS e do COFINS.
Respondendo a sua pergunta, a equipe ACBr esta ciente desse comportamento do componente e não vemos com bons olhos mudar, pois pode gerar um efeito colateral na aplicação de milhares de desenvolvedores.
Se você não concorda com esse comportamento do componente ou não quer realizar um tratamento dos dados na rotina que pega os dados da nota, lembre-se que você é um Analista de Sistemas, tem os fontes do componente e competência para fazer as alterações que lhe convém.
Fica a dica.